玉米南方锈病在我国许多省份发生，由于病害的流行特征与一般叶斑病不同，因此在年度间所发生区域并不相同。多年的调查表明，我国南方锈病发生的省份包括辽宁、北京、河北、河南、山东、安徽、江苏、上海、浙江、福建、台湾、广东、海南、广西、湖南、湖北、重庆、贵州、云南、陕西等，其中常年较稳定发生的有海南、广东、广西、福建、浙江、江苏等省份。
在我国，虽然玉米南方锈病发生区域较广泛，但由于南方省份不属于玉米主产区，所以病害的影响相对较轻，而该病害在夏播玉米区8月下旬至9月上旬的暴发导致籽粒灌浆不足而引起严重的生产损失。2004年，河南省玉米种植面积的27.8%（66.7万hm²）受到南方锈病严重影响；2007年和2008年，南方锈病在夏播玉米区再度暴发，重病田减产超过10%；2015年，夏播玉米区南方锈病发生早而广泛，是多年来发生最重的年份。
玉米南方锈病主要为害玉米叶片，病菌侵染后后在叶片上产生大量橘黄色夏孢子堆；当孢子堆密集相连后，引起叶片局部枯死。除叶片外，病菌可以侵染玉米植株的所有地上绿色组织。在多数地区，植株病组织中不产生黑褐色的冬孢子堆。
叶片发病初期出现一些分散的褪绿或淡黄色小斑点，斑点逐渐从叶片表面隆起，突破表皮组织后外露并开裂，呈现为单个、圆形、直径约1mm的橘黄色夏孢子堆，并散出大量同为橘黄色的夏孢子。
玉米品种间抗病水平差异明显，抗病品种叶片上形成的孢子堆少，且无明显症状或仅有一些小而不十分规则的褪绿斑或褐色坏死斑，叶片维持正常的光合功能，而感病品种叶片布满橘黄色的病菌夏孢子堆和夏孢子，有或无褪绿边缘，叶片很快干枯。
玉米南方锈病突发性强，因此种植抗病品种是有效抵御病害的首选措施。在玉米南方锈病常发区，可以采用玉米大喇叭口期施药的方式提高玉米抵御病害的能力。建议采用保护与治疗兼顾的内吸杀菌剂，如25%丙环唑乳油，用量为100ml/hm²；25%嘧菌酯悬浮剂，用量为250ml/hm²；10%氟醚菌酯乳油，用量为200ml/hm²；25%吡唑醚菌酯乳油，用量为300ml/hm²。20%三唑酮乳油也具有治疗作用，稀释1000~1500倍后喷雾。
